Założony najprawdopodobniej pomiędzy 1784r. (kiedy to cesarz Józef II edyktem nakazał przenosić cmentarze z miejsc zamieszkanych), a 1794r. (z którego pochodzi najstarsza, znana jedynie z zachowanej fotografii, inskrypcja z grobu Agnieszki Drelinkiewiczówny).

Najstarsza mapa uwzględniająca cmentarz pochodzi z 1817 roku, z kolei w źródłach miejskich pierwsza wiadomość to rok 1820.

Cmentarz miał kostnicę zbudowaną w 1838 roku. Pierwsza wiadomość o kaplicy pochodzi z 1886 roku, w dokumentach miejskich jest informacja, iż postanowiono grobowiec rodzinny Zdzieńskich, właścicieli Płaszowa, zbudowany w formie dość dużej kaplicy wyremontować i używać jako kaplicę cmentarną.

Cmentarz dwukrotnie poszerzano w 1838 r. i w 1895r. zwracając jednocześnie uwagę na konieczność jak najszybszego założenia nowego cmentarza, do czego doszło ostatecznie w 1900 roku. W kwietniu 1900 roku, stary cmentarz ostatecznie zamknięto, postanawiając chować tutaj jedynie osoby zasłużone dla Podgórza i posiadające grobowce rodzinne.

Część cmentarza, ok. 1/4 powierzchni, zniwelowali spychaczami Niemcy w 1942 roku przy budowie linii kolejowej, bezpardonowo niszcząc znajdujące się tam nagrobki.

Największe zniszczenia spowodowała jednak rozbudowa ulicy Telewizyjnej (obecnie Powstańców Śląskich) w latach 70. Zabytkowe nagrobki miały zostać przeniesione na nowy cmentarz przy ul. Wapiennej lub do górnej pozostającej części starego cmentarza. Przenoszone szczątki na starym cmentarzu chowano bez jakiejkolwiek dokumentacji pod najtańszymi lastrikowo-betonowymi nagrobkami. Bezpowrotnie zniszczono zabytkowy układ i charakter cmentarza. Mimo protestów konserwatora zabytków inwestor budujący nową drogę nigdy nie zrekonstruował np. neogotyckiej kaplicy grobowej rodziny Cieślików z 1888 roku, do czego zobowiązany był w podpisanej umowie.

Do dziś przetrwało zaledwie 38 arów starego cmentarza podgórskiego, który w 1900 roku liczył 1,5 ha powierzchni.

Pochowane osobistości:
- Edward Dembowski - Urodził się we wsi Klementowice jako syn kasztelana i bogatego ziemianina Leona Dembowskiego i Julii z Kochanowskich. Był działaczem niepodległościowym, pisarzem, krytykiem literackim, publicystą. W czasie powstania krakowskiego (1846r.) sekretarz rządu narodowego Jana Ty-ssowskiego, w rzeczywistości jeden z przywódców ruchu. W dniu 27 lutego 1846 r. w Podgórzu miało miejsce krwawe stłumienie procesji patriotycznej przez wojska austriackie. Podczas tych zajść zginął Dembowski oraz 27 innych osób. Wszyscy zostali pochowani na cmentarzu Podgórskim. Niedługo po tym pojawiła się pogłoska, że Dembowski jednak żyje i uciekł zagranicę. Władze austriackie zarządziły ekshumację zwłok w kwietniu 1846 roku, ale żaden z aresztowanych jeńców nie był w stanie wskazać ciała Dembowskiego. To dało początek legendzie. 1 listopada 1936 r.  staraniem oddziału podgórskiego Związku Legionistów nastąpiła uroczystość poświęcenia nowego pomnika.

- Wojciech Bednarski (1841-1914) - dyrektor szkoły, radny miejski, założyciel parku,
- Wojciech Eljasz-Radzikowski (1814-1904) - artysta malarz, ojciec Władysława oraz malarza Walerego Eljasz-Radzikowskiego,
- Władysław Eljasz-Radzikowski (1847-1921) - syn Wojciecha, powstaniec styczniowy, sybirak, artysta rzeźbiarz,
- Józef Serkowski (1786-1856) - urzędnik, sekretarz Magistratu Podgórskiego,
- Emil Serkowski (1822-1900) - inżynier, długoletni radny, prezydent i honorowy obywatel Podgórza,
- Franciszek Maryewski (grobowiec rodzinny Serkowskich) - ostatni prezydent Podgórza, który 4 lipca 1915 roku w czasie spotkania na moście wiślanym z prezydentem Krakowa Juliuszem Leo poprzez symboliczny uścisk dłoni przypieczętował połączenie Podgórza z Krakowem,
- Józef Chrystian Zoll (1803-1872) radca rachunkowy, burmistrz Podgórza oraz jego młodszy syn Ludwik Zoll (1845-1863) powstaniec styczniowy, zmarły od rany zadanej piką kozacką w czoło w bitwie pod Strojnowym; w 1986 roku pochowano tu Fryderyka Zolla (1899-1986), uczestnika walk o wolność w 1918 i 1920, obrońcę Modlina, majora AK, powstańca warszawskiego, kawalera orderu Virtuti Militari,
- Aleksander Kotsis (1836-1877), malarz scen rodzajowych i pejzaży, proponowany przez Jana Matejkę na stanowisko profesora w Szkole Sztuk Pięknych w Krakowie - jego miejsce spoczynku zostało zapomniane w okresie międzywojennym.
- Agnieszka Jałbrzykowska (1818-1902) - przełożonej pensji dla panien i honorowej obywatelki Podgórza, został zniszczony w 1942 przez Niemców.